Désireux de mettre en valeur le bassin supérieur du Tech, des moines ont fondé une colonie agricole, Prats-de-Mollo. Son église est citée en 982.
Au XIIIe siècle, la ville était séparée en deux par le Tech :
– La partie nord comprenait la ville avec sa population.
– Sur la partie sud se trouvait le château des comtes de Besalu avec les autres familles dirigeantes.
À partir de 1258, après le traité de Corbeil, Prats-de-Mollo se développe sous l’impulsion du roi Jacques Ier d’Aragon. Du Moyen Âge à la Révolution, Prats est une ville royale : la seigneurie et la justice appartiennent au roi, et une justice royale ordinaire y est installée. Elle obtient ainsi certains privilèges tels que :
– 1242 : suppression des abus ;
– 1245 : liberté d’installation pour les personnes qui souhaitent s’installer dans la ville ;
– 1308 : possibilité d’organiser un marché hebdomadaire le samedi.
En 1327, Prats et sa vallée comprennent une douzaine de villages et atteint environ 1 000 habitants, en partie grâce à ses privilèges.
Au milieu du XIVe siècle, la ville est fortifiée.
En 1428, les remparts sont en partie détruits par le tremblement de terre de 1428 dit « séisme de la Chandeleur. Au XVe siècle, à la suite de diverses épidémies, la population est en diminution.
Au XVIe siècle, la ville est prospère grâce à la fabrication et au commerce des draps. Prats, comme le Vallespir, appartenant à la vicomté de Castelnou, donc à la couronne espagnole fut rattachée, en 1659, comme l’ensemble du Roussillon à la France par le traité des Pyrénées. Cette nouvelle situation changea les données économiques, isolant Prats et sa vallée du reste de la province.
En décembre 1661 Louis XIV rétablit, dans le Roussillon, la gabelle, impôt qui était supprimé depuis 1292. La population, conduite par le drapier et faux-saunier Josep de la Trinxeria, se révolte contre le rétablissement de ce nouvel impôt. C’est la révolte des Angelets, qui prend très vite des allures de soulèvement anti-français et dure douze ans, jusqu’en 1673.
En 1674 afin de contrôler le Vallespir Louis XIV décide de faire construire un fort. La construction du fort Lagarde commence en 1677, faite en partie par Vauban, et se termine vers 1682. En 1691, pendant la guerre de Neuf Ans, les Espagnols, arrivant du col d’Ares, assiègent Prats-de-Mollo, sans succès.
Le 6 juin 1793 pendant la guerre du Roussillon, Prats-de-Mollo est prise par les troupes espagnoles du général Antonio Ricardos. Elle reste occupée jusqu’en 1794 date à laquelle les troupes françaises du général Dugommier parvinrent à rejeter les Espagnols de l’autre côté des Pyrénées.
La commune du Tech est créée le par détachement d’une partie de la commune de Prats-de-Mollo.
Avant la guerre de 1870, Napoléon III, souhaitant faire une cure, fit construire la route qui conduit à La Preste.
En 1926, Francesc Macià, qui souhaitait instaurer une république catalane en Espagne, alors dirigée par le dictateur Miguel Primo de Rivera y est arrêté.
En 1938, un second pont est construit. En effet, avant 1938, le Tech ne pouvait être franchi que par un seul pont (pont d’Espagne) qui amenait à la porte principale de la ville, datant du XVIIIe siècle, appelée Cavalleria (cavalerie) puis de la Carnisseria (boucherie) puis d’Espagne (en raison de son emplacement).
À partir du 27 janvier 1939, durant la Retirada, en deux semaines seulement, 100 000 réfugiés espagnols passent le col d’Ares, à Prats-de-Mollo. Pour accueillir ces réfugiés on construit quatre camps de concentration dans la vallée du Tech. Le 13 février 1939, la frontière est fermée, et gardée par les soldats nationalistes espagnols du général Franco. 35 000 réfugiés sont toujours dans les camps de Prats-de-Mollo.
Fin mars 1939, les camps de réfugiés de Prats-de-Mollo sont définitivement fermés. En octobre 1940, un aiguat continu de quatre jours, provoquant une crue du Tech, dévasta une partie de Prats et de la vallée, emportant le pont d’Espagne dit Pont de la Calç (chaux) ainsi que plusieurs établissements. Cette catastrophe, qui détruisit une grande partie du paysage, réorienta l’économie locale vers le tourisme et le thermalisme.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, Prats-de-Mollo fut l’une des nombreuses bases pour les filières d’évasion vers l’Espagne.