En cas d'option pour le régime de l'EIRL, l'entrepreneur individuel effectue une déclaration d'affectation de son patrimoine professionnel. Ainsi, l'EIRL n'a pas à répondre de ses dettes professionnelles sur la totalité de son patrimoine, mais seulement sur la partie affectée à son activité professionnelle.
En cas de difficulté, notamment en cas de faillite ou dépôt de bilan, son patrimoine personnel bénéficie d'une protection, tout en pouvant servir éventuellement de gage pour des créances personnelles.
L'entrepreneur doit déterminer les revenus qu'il verse dans son patrimoine personnel non affecté.
Le patrimoine affecté comprend l'ensemble des éléments matériels ou immatériels nécessaires à l'activité professionnelle, dont l'entrepreneur individuel est titulaire ou propriétaire :
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biens (par exemple, l'équipement ou l'immobilier),
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droits (par exemple, brevet, droit au bail, fonds de commerce ou pas-de-porte),
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obligations ou sûretés (gage, nantissement, hypothèque, privilège...).
La séparation du patrimoine ne produit d'effet qu'à l'égard des créanciers dont les droits sont nés <span class="miseenevidence">après</span> la déclaration d'affectation.
La déclaration d'affectation de l'EIRL et la déclaration d'insaisissabilité peuvent se cumuler. La déclaration d'affectation du patrimoine en EIRL permet, en effet, d'exclure du patrimoine professionnel tous les biens mobiliers et les droits qui ne peuvent être protégés par la déclaration d'insaisissabilité et l'insaisissabilité de droit de la résidence principale.